Sejak memasuki masa kemerdekaan, negara  Indonesia mengalami berbagai perkembangan sekaligus pergolakan dibidang politik, keamanan serta ekonomi. Akan tetapi dalam pendidikan agama terjadi perkembangan yang relatif pesat pada masa setelah merdeka. Pendidikan Islam di Indonesia pada masa kemerdekaan meskipun dipengaruhi oleh sistem pendidikan Belanda tetap dapat tumbuh dan berkemang dengan baik.

Pada masa penjajahan, akses pendidikan hanya didominasi oleh kaum bangsawan dan juga dari keluarga penjajah. Warga negara Indonesia yang berasal dari rakyat jelata masih tidak mudah mengenyam pendidikan yang hanya berpihak pada kaum berkedudukan masa itu. Sekolah rakyat sudah mulai berkembang akan tetapi jumlahnya belum memadai untuk dapat diakses banyak kalangan.

Aktifnya beberapa tokoh masyarakat khususnya di bidang pendidikan seperti Ki Hajar Dewantara, KH Hasyim Asy’ari, KHA Dahlan telah membuat sistem pendidikan di tanah air mulai mengalami perkembangan yang cukup pesat. Ki Hajar Dewantara dikeal dengan sistem pendidikan yang berbudi luhur dan menanamkan jiwa Pancasila yang berakar budaya ketimuran. Sementara KH Hasyim asy’ari dan KHA Dahlan masing-masing mengusung pendidikan yang didasarkan pada agama.
Meskipun secara aliran terdapat sedikit perbedaan antara ajaran yang diterapkan KH Hasyim Asy’ari yang menanamka aliran agama dibalut politik Nadhatul Ulama dengan ajaran KHA Dahlan yang menganut paham Muhammadiyah, namun kedua jenis organisasi tersebut memberikan warna di dalam sistem pendidikan agama Islam di wilayah Indonesi yang secara awal dikembangkan di Pulau Jawa.

Gagasan KH Hasyim Asy’ari mendirikan sebuah organisasi keagamaan yang sudah dirintis sejak tahun 1926 membangun pondok pesantren yang menampung para santri dari berbagai kalangan dengan dana yang sangat minim dan bahkan gratis sehingga dapat diakses oleh seluruh lapisan masyarakat. Basik pendidikan yang ditaamkan antara lain adalah rasa cinta terhadap tanah air serta semangat perjuangan melawan Belanda. Ketika sudah mencapai kemerdekaan, maka semangat melawan Belanda menjadi digeser dengan semangat mempertahankan kemerdekaan negara.

Adapun KHA Dahlan mendirikan sebuah organisasi yang dibalut dengan pendidikan dan membekali para siswa dengan keterampilan serta pengetahuan penting guna menghadapi perubahan jaman. Sistem pendidikan yang diterapkan oleh KHA Dahlan relatif modern dan tidak memberikan batasan ataupun pengekangan kepada para murid. Siswa disadarkan bahwa dalam sistem kehidupan selalu mengalami perkembangan dari masa ke masa. Agama bukan sebuah doktrin kuno yang tidak fleksibel terhadap perkembangan agama. KHA Dahlan mengajak para pemuda untuk dapat berperan aktif dalam memperjuangkan kemerdekaan sekaligus mempertahankannya setelah kemerdekaan dicapai.

Setelah terjadi kemerdekaan negara Republik Indonesia, maka departemen agama semakin pesat berkembang seiring dengan berkembangnya sistem pendidikan nasional. Pada masa itu pendidikan agama mulai diterapkan menjadi salah satu mata pelajara wajib yang diajarkan di sekolah-sekolah, terutama sekolah rakyat yang mulai didirikan dibeberapa tempat. Agama yang diajarkan kepada siswa lebih menekankan kepada penanaman akhlak, moral dan meningkatkan ketakwaan serta keimanan siswa sebagai dasar utama menjadi siswa yang berakhlak mulia. Demikianlah perkembangan sejarah pendidikan islam di Indonesia pada masa kemerdekaan.